Сергей Махотин родился 12 мая 1953 года в городе Сочи. Во время учёбы в институте Сергей Махотин начал писать стихи. Стихотворение для взрослых «Садовник» было опубликовано в 1976 году в журнале «Уральский следопыт». А первое детское — «Щенок» — в газете «Московский комсомолец» в 1979 году. Стихи Сергея Махотина печатали журналы «Костёр», «Пионер», «Мурзилка», «Весёлые картинки», «Колобок». Издав в конце восьмидесятых годов несколько поэтических сборников («Море в банке», «Здравствуй, день!», «Старшая группа», «Собака считает до одного»), Сергей Махотин попробовал себя в прозе для маленьких читателей. 

Сергей Махотин много лет посвятил детской журналистике. Он был корреспондентом ленинградской детской газеты «Ленинские искры», больше десяти лет проработал заведующим отделом поэзии журнала «Костёр». Также был одним из создателей детской радиостанции «Заячий остров», которая в течение шести лет, в самые трудные для детской литературы 90-е годы поддерживала и сохраняла в детях любовь и интерес к чтению. В настоящее время — редактор детского вещания «Радио России. Санкт-Петербург» (программа «Малая Садовая»).

Сергей Анатольевич Махотин — член жюри Международного конкурса им. С. Михалкова, Независимой детской литературной премии «Глаголица» (Казань), международной премии им. Бабеля (Одесса). Он является одним из организаторов Всероссийского литературного фестиваля «Как хорошо уметь писать».